全球首次!
瑞丽珍稀植物园689种植物基因组测序完成
来源:德宏团结报 作者:杨腾荣 刘杰 发布时间:2019-02-01 09:06:47

由深圳华大生命科学研究院和云南省瑞丽市林业局合作开展的“瑞丽珍稀植物园数字化项目”取得重大突破。该项目成果论文于2019年1月25日发表在基因组、大数据领域具有高影响力的国际学术期刊《GigaScience》。

项目成果一经发布,随即被美国科学促进会(AAAS)主办的权威网站EurekAiert等国际媒体转载报道。该项目的主要成果是,科研团队对瑞丽珍稀植物园的761份植物标本(689个种)进行鉴定,并获得了全部基因组测序数据。这是全球首次在植物园大规模进行植物基因组测序。

瑞丽珍稀植物园位于全球34个生物多样性热点区域之内,具有丰富的生物多样性和资源优越性。2016年12月24日,国家基因库云南活体库与国家基因库云南分库瑞丽分中心在瑞丽珍稀植物园揭牌以来,科研团队对整个植物园及其周边植物物种进行了全面采集。科研团队先后采集了1093号样本,制作成1123份植物标本(隶属于49个目,137个科),收集植物图片信息60GB,完成了761份DNA样本测序,代表689种维管束植物,产出高达54TB的基因组数据。至此,瑞丽珍稀植物园成为全球首次完成全基因组高深度测序的植物园。

瑞丽珍稀植物园数字化项目产生的大量植物基因数据将为植物基因组学研究起到很好的推动作用。项目中产生的大量样本和组学数据,不仅可以用于基因组、线粒体、叶绿体的组装,还为机器学习提供了不可缺少的资源。这些数据存储于国家基因库生命大数据平台(CNGBdb)。平台面向科研人员提供组学数据存储、搜索、计算、管理、可视化等服务。瑞丽珍稀植物园基因组数字化,是一个集活体库、生态库、数据库为一体的探索性项目。整个项目为“万种植物基因组计划”(10KP)项目的执行带来一个良好的开端,将进一步推动全球植物基因组学研究。(德宏团结报记者  杨腾荣   通讯员  刘杰) 


编辑:杨建晓
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